Alle Einwohner der Stadt Shimoda sind an einer Seuche gestorben. Die örtliche Regierung, der Togugawa-Clan, schickt ein Team von Ninjas, um die Sache zu untersuchen, aber alle bis auf einen werden von mysteriösen Kräften ausgelöscht. Die einzige Überlebende ist eine Frau, Kagero, die gefangen genommen wird. Ein Samurai-Söldner, Jubei, rettet sie, aber sein Interesse an ihrer Mission und ihrer Sache ist nur vorübergehend.