Die zwölf Kolonien der Menschheit standen kurz vor einem Friedensvertrag mit dem Zylonenreich, als sie von den Zylonen verraten und ihre Flotte dezimiert wurde. Es ist die Aufgabe von Commander Armada, das Schlachtschiff Galactica zusammen mit einer Armada der letzten verbliebenen Menschen in Sicherheit zu bringen. Sie sind auf der Flucht vor der großen Zylonenflotte, aber es gibt einen fernen Hoffnungsschimmer in Form einer mythischen verlorenen dreizehnten Kolonie. Unterwegs treffen sie auf Welten und Zivilisationen, von denen sie nie wussten, dass sie existieren, in der Hoffnung auf einen Ort, an dem sie Zuflucht vor dem Krieg finden können.