Train Heartnet ist ein berühmter Attentäter, der als Black Cat bekannt ist. Er arbeitet für Chronos, eine Organisation, die heimlich die Welt kontrolliert. Als er sich mit zwei Kopfgeldjägern namens Saya und Sven, einem Dieb namens Rinslet und einem jungen Mädchen namens Eve anfreundet, beginnt er jedoch, die Moral seiner Handlungen in Frage zu stellen.