Die Geschichte spielt im Jahr 1937, am Vorabend des Zweiten Weltkriegs, und handelt von einer geheimnisvollen Spionage-Ausbildungsorganisation, die als "D Agency" bekannt ist. Die Organisation wird von Oberstleutnant Yuuki von der kaiserlichen japanischen Armee gegründet. Seine Ideale führen dazu, dass er nicht nur Absolventen von Militärakademien und Angestellte rekrutiert, sondern sie auch zu geschickten Agenten in der Kunst der Manipulation ausbildet. Diese Agenten werden dann zu einem spezialisierten Team, das Operationen durchführt. Einer dieser Antihelden-Agenten, der den Namen Jirou Gamou trägt, begibt sich auf eine erschütternde Mission, um geheime Dokumente mit dem Titel "Black Notes" zu finden, während er gegen Kräfte innerhalb und außerhalb seiner eigenen Reihen kämpft.