Messiah beginnt mit dem Auftauchen einer messianischen Figur im Nahen Osten, die eine Vielzahl religiöser Unruhen in der Welt auslöst. Der Mann wird von vielen verfolgt, von noch mehr gehasst und hat Auswirkungen auf eine ganze Reihe weltpolitischer und religiöser Probleme. Ein großer Teil der Serie konzentriert sich auf die Auswirkungen des vermeintlichen Messias auf sein Umfeld und darauf, wie er sich auf das Leben der verschiedenen Hauptfiguren auswirkt, die ihm entweder folgen oder sich dafür einsetzen, zu beweisen, dass er einfach ein Betrüger ist.