Phantome, Wesen, die die Grenze zwischen Illusion und Realität verwischen, wandern direkt vor der Nase der ahnungslosen Menschen umher. Ihre Herkunft ist geheimnisvoll, und nur wenige können sie sehen - bis eine Forschungseinrichtung bei einem Bombenanschlag einen Virus verbreitet, der die Fähigkeit dazu verleiht. Menschen mit besonderen Fähigkeiten erhalten die Aufgabe, die störenden Phantome zu versiegeln. Haruhiko Ichijou ist ein solcher Phantomjäger. Allerdings ist er kein besonders guter. Mit einer Fülle von nutzlosem Wissen, einer Tendenz, auf Abwege zu geraten, und einer eher langsamen Fähigkeit, Phantome zu versiegeln, stehen er und seine ungestüme Teamkollegin Mai Kawakami ganz unten auf der Leiter der Phantomjäger an der Hosea-Akademie. Um stärker zu werden, rekrutieren sie neue Teamkameraden und entwickeln neue Kräfte, nur um auf Geheimnisse rund um Phantome und die Umstände des mysteriösen Bombenanschlags auf die Alayashiki-Forschungseinrichtung zu stoßen.