Vierzehn Jahre nachdem er den unsterblichen Krieger Himuro Genma besiegt und die bösen Pläne des Shogun der Finsternis vereitelt hat, zieht Kibagami Jubei als herrenloser Schwertkämpfer weiter durch Japan. Auf seiner Reise lernt er Shigure kennen, eine Priesterin, die die Welt außerhalb ihres Dorfes noch nie gesehen hat. Doch als eine Gruppe von Dämonen das Dorf zerstört und alle tötet, wird Jubei zur Zielscheibe, nachdem er das Drachenjuwel erworben hat - einen Stein unbekannter Herkunft. In der Zwischenzeit reist Shigure - zusammen mit dem Mönch Dakuan und einem jungen Dieb namens Tsubute - zum Dorf Yagyu. Und da nun zwei Dämonenclans Jagd auf Shigure machen, muss Dakuan erneut die Dienste von Jubei in Anspruch nehmen, um die Priesterin des Lichts zu schützen.