Im Jahr 2199 wird die Erde von einer außerirdischen Rasse, den Gamilas, überfallen, die von einem sterbenden Planeten stammen und die Erde zu ihrer neuen Heimat machen wollen. Die Gamilas lassen radioaktive Bomben auf die Erde regnen, die die Oberfläche des Planeten trocken und unbewohnbar (aber für ihre Rasse gastfreundlich) machen. Die Raumflotte der Erde ist den Gamilas hoffnungslos unterlegen und alles scheint verloren... bis eine mysteriöse Raumsonde auf dem Mars gefunden wird. Die Sonde enthält Baupläne und eine Botschaft von Königin Starsha vom Planeten Iscandar, die behauptet, ein Gerät zu besitzen, mit dem die Erde von ihren Strahlenschäden befreit werden kann. Die Baupläne sind für ein Superschiff, mit dem jedes Schiff innerhalb eines Jahres nach Iscandar (das in einer anderen Galaxie liegt) und zurück fliegen kann. Mit diesen Plänen bauen die Bewohner der Erde heimlich ein japanisches Schlachtschiff, die Yamato, zu einem großen Raumschiff um. Eine große, unerschrockene Mannschaft von 999 Personen macht sich mit der Yamato auf den Weg nach Iscandar, um das Gerät zu benötigen ... aber werden sie es angesichts der Bedrohung durch die Gamilon rechtzeitig schaffen?