Free! dreht sich um die Mitglieder eines Highschool-Schwimmteams für Jungen. Vier Jungen - Haruka, Makoto, Nagisa und Rin - haben kurz vor ihrem Abschluss an der Grundschule an einem Schwimmturnier teilgenommen und sind später getrennte Wege gegangen. Jahre später treffen sie sich wieder, als Rin Haruka zu einem Rennen herausfordert und gewinnt. Nagisa beschließt, Haruka und Makoto wieder zusammen schwimmen zu lassen und einen neuen Rekruten namens Rei hinzuzufügen, um den Iwatobi High School Swimming Club zu gründen.